تشير الأبحاث إلى أن ردود الفعل المختلفة للأشخاص تجاه القهوة مرتبطة بحمضهم النووي، حيث يمكن للكافيين أن يبقى في الجسم لفترة تتراوح بين 90 دقيقة إلى 9 ساعات اعتمادًا على سرعة تحلله في الكبد. وقد اكتشف العلماء جينًا محددًا يسمى CYP1A2، الذي يتحكم في سرعة معالجة الكبد للكافيين، وقد تشير الدراسات إلى أن الأشخاص الذين يعانون من عدم وجود هذا الجين قد يصابون بارتفاع ضغط الدم بسبب شرب القهوة.
بالنسبة لسبب شعور البعض بالأرق بسبب القهوة، يعمل الكافيين عن طريق تغيير تدفق بعض المواد الكيميائية إلى الدماغ، ويمنع المستقبلات التي تتعامل مع الأدينوزين، وهي المادة التي تشجع على النوم وتجعل الجسم يشعر بالتعب. وبالتالي، يمكن أن يسبب الكافيين الشعور بالأرق عند البعض بسبب تداخله مع عملية النوم الطبيعية.
ويمكن لمن يشعرون بآثار غير مرغوب فيها للكافيين أن يتخذوا بعض الخطوات للتعامل معها، مثل شرب الكثير من الماء وممارسة التمارين الرياضية السريعة مثل الجري أو ركوب الدراجات. قد تساعد هذه الخطوات في تقليل التوتر والقلق الناتج عن الكافيين، حيث تعمل عملية التمرين على تسريع عملية التمثيل الغذائي للكافيين بشكل أسرع.